登場人物が抱える重厚なドラマとハイレベルな格闘シーンが支持され、多くのクリエイターに影響を与えたタツノコプロの代表作。子門正人の主題歌はアニソンの定番となった。
地球征服をたくらむ秘密結社・ギャラクターに立ち向かうべく、天才科学者の南部博士は5人の少年少女を集め、科学と忍法を駆使して戦う科学忍者隊を結成した。世界を守るという使命を授かった科学忍者隊は、ギャラクターの地球征服作戦に真っ向から挑む…！
世界各国で貯蔵庫が謎の巨大メカに襲われ、ウランが奪われるという事件が発生。国際科学技術庁＝通称ISOの南部博士は、この事件が世界征服をたくらむ悪の組織・ギャラクターの仕業だとにらんだ。
26分
地球に眠る資源を探索して記録するアースコンパクト装置を積んだ有人ロケットが、宇宙から地球へ帰還すると同時に姿を消した。世界征服のためのエネルギー源として地球のウラン鉱を狙う、ギャラクターの仕業だった。
26分
不可解な旅客機墜落事故を調査すべく飛行場に来た健は、死んだ機長の息子・誠とその叔父に出会う。誠はいつか父親が戻ってくると信じ、毎日飛行場で待ち続けていると言う。その後、ミイラのような巨人が健を襲う。
26分
ギャラクターは鉄獣メカデゴンを使い、世界各地の地下資源をひそかに奪うという作戦を展開。資源の消失と同時に地震が起こるとの情報を受け、健は地震研究所を訪ねた。そんな時、大地震が発生する。
26分
沈没した船が集まる海の墓場と呼ばれる海域で、ギャラクターが操る幽霊戦艦に海洋開発船が撃沈された。続いて海洋基地が襲われ、逃走する敵の潜水艦を追う科学忍者隊は、海の墓場で幽霊戦艦の大艦隊を発見する。
26分
世界銀行の大金庫に保管されていた金塊が、ギャラクターの小型ロボット・ミクロスによって奪われた。そして敵の基地があると思われる無人島を探索する健、ジュン、甚平がギャラクター兵に捕らえられてしまう。
26分
新型無公害航空機のテストパイロットとして飛び立った健だが、カッツェンベルヒと名乗る覆面の怪人が乗った複葉機により撃墜される。科学忍者隊は、怪人の正体がギャラクターの首領・ベルクカッツェだとにらむ。
26分
ギャラクターに対抗すべく、海底基地の建設を急ぐ南部博士。ギャラクターはこれを妨害すべく、鉄獣で基地建設場所を探そうとする。一方、甚平は手柄を立てて人気者になろうと考え、1人で鉄獣を倒そうとするが…。
26分
鉄獣サソリロケットを月面に送り込んだギャラクターは、無数の岩を地球に向かって打ち出して攻撃。一方、各地を襲った隕石が全て月の石であると判明し、科学忍者隊はゴッドフェニックスで月へと飛び立った。
26分
ある夜、突然アリの大群が原子力研究所を襲い、街は大停電に見舞われた。バードミサイルで堤防を破壊し、アリの群れを水で押し流した科学忍者隊は、その正体がギャラクターのアリロボットだったと知る。
26分
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